截至目前，華大海洋共發表120余篇學術論文，其中SCI論文近100篇，代表性論文包括1篇Nature封面文章、6篇Nature子刊、12篇GigaScience文章；在國際已發表的70余種重要魚類基因組文章，華大海洋占據發表總量的1/5以上，支撐著我國水產基因組學的國際領先地位。華大海洋研究院出版的11部水產基因組學系列專著，填補了我國相關領域的教材空白，為水產基因科技的快速發展和普及做出了突出貢獻。